Um das Jahr 1200 wird, vielleicht schon mit der Gründung des Ortes, in Eyba eine erste romanische Kirche erbaut worden sein. Urkunden darüber gibt es nicht, die allgemeine Besiedlungsgeschichte der Saalfelder Höhe lässt dieses jedoch vermuten. Archäologische Grabungen im Zuge von Sanierungsarbeiten im Jahre 2004 zeigten, dass diese erste Kirche die Ausmaße des heutigen Kirchenschiffes hatte und an der Ostseite, anstelle des heutigen Turmes eine Apsis angebaut war. Hartmann (III) von Könitz, welcher damals Eyba zu Lehen hatte, veranlasste zwischen 1470 und 1485 den Bau des Chorturmes. Der massive Stumpf dieses Turmes wurde damals bis zur Höhe des heutigen sichtbaren Mauerrücksprunges aufgeführt. Dabei sind auch romanische Elemente der Apsis, wie das kleine Rundbogenfenster in der Ostseite des heutigen Turmes oder die Sakramentsnische wiederverwendet worden. Auch die Entstehung des zweigeschossigen Anbaues an der Nordseite kann in diesen Zeitraum datiert werden. Im unteren Teil diente er wohl zunächst als Sakristei, von 1691 bis 1921 als Gruft. Das Obergeschoss war nach dem Altarraum hin offen und nur von dort aus erreichbar. Es diente der Schlossherrschaft als Kirchenstand.
1510 wurde die Marienglocke, vermutlich auch auf Initiative des Hartmann III von Könitz angeschafft, die noch heute zu den Gottesdiensten ruft. Ihre kleinere, und wohl noch ältere Schwester fiel, wie auch die Prospektpfeifen der Orgel als Buntmetallabgabe dem Ersten Weltkrieg zum Opfer. Um 1577 wurde unter Hartmann (IV) von Könitz das Kirchenschiff um etwa einen Meter erhöht und die heute noch vorhandene Dachkonstruktion aufgerichtet. Die beiden damals vorhandenen romanischen Südfenster erhielten dabei ihre gotischen Spitzbögen. An der Stelle des heutigen Nordfensters befand sich einst der Zugang zur Kirche. Ob der im Zuge dieser Baumaßnahmen oder erst beim Umbau 1718/1719 auf die Westseite verlegt wurde, ist nicht bekannt. Johann Ernst von Könitz veranlasste 1718 einen weiteren Umbau. Der Turmstumpf wurde auf die heutige Höhe aufgemauert und dabei der Adelsstand im Anbau geschlossen. Die Chorraumfenster bekamen ihre heutige Gestalt, über Altar und Kanzel wurde eine Empore eingezogen, auf der 1723 die erste Orgel, erbaut von Orgelbaumeister Paul Nordt aus Nahwinden, ihren Platz fand. Auf der Westempore, wo sich heute die Orgel befindet, wurde der Adelsstand eingerichtet. Es war ein kleines Stübchen mit Schiebefenstern, ausgestattet mit Sofa und Polsterstühlen und war "abgeschlossen gegen die gewöhnliche Welt", so der Chronist. Das Innere der Kirche bekam seinen barocken Charakter und ist 1723 vom Hofmaler Wiefel aus Saalfeld ausgemalt worden. 1812 wurde der alte, vierseitige Fachwerkturm abgerissen und durch den achtseitigen Turmaufbau mit barocker Haube und Laterne ersetzt.
1881 erfolgte unter Regie der Gemeinde der bisher letzte größere Umbau. Das Fenster in der Nordseite wurde eingebaut, die Empore über der Kanzel mitsamt der Orgel entfernt und die Kanzel bekam ihre barocke Haube. Auf der Westempore fand an Stelle des Adelsstandes die neue Orgel von Carl Lösche aus Rudolstadt ihren Platz. 1896/1897 wurde der Innenraum erneut ausgemalt, wobei wertvolle Malereien und Gestaltungselemente an den Decken, Wänden und Emporen verloren gingen. Die Gemälde am Kanzelkorb sind erst 2008 gefunden, freigelegt und restauriert worden.
Mangels fast jeglicher Erhaltungsmaßnahmen im vorigen Jahrhundert bis 1994 verfiel unsere Kirche zusehends und bot zuletzt ein erbarmungswürdiges Bild. In den Jahren 1994 bis 2006 erfolgten grundlegende und umfangreiche Bau-, Sanierungs- und Restaurierungsarbeiten. Auch die Lösche-Orgel wurde instandgesetzt und erhielt ihre Prospektpfeifen zurück. Am Reformationstag 2006 fand mit einem Festgottesdienst endlich die Wiedereinweihung unserer Marienkirche statt. An dieser Stelle noch ein paar Worte zur Gruft: Aus schriftlichen Überlieferungen war bekannt, dass sich unter der Kirche eine Krypta befindet. Der Eingang war 1881 geschlossen worden, aber es gab eigenartigerweise keine Hinweise auf Lage oder Größe der Grabkammer. Im Zuge der oben erwähnten Bauarbeiten wurde 2004 auch die Kappe des Bruchsteingewölbes gefunden und es war kein Problem mehr, den Eingang zur Gruft freizulegen. Das geschah nur in dem Maße, wie es notwendig war, um die Gruft auszuleuchten, in sie hineinzuschauen, zu fotografieren und den Raum zu vermessen, ohne ihn jedoch zu betreten oder etwas zu berühren. Das Grabgewölbe ist relativ klein, 3,50 m lang, 2,00 m breit und 1,75 m hoch. Särge und sterblich Überreste sind zerfallen und über die gesamte Bodenfläche verstreut. Die Grabkammer befindet sich in vollem Umfang im Kirchenschiff und nicht, wie bis dahin allgemein angenommen, unter dem Altarraum. Die Treppe zur Gruft im Bereich des Mittelganges war erkennbar, wurde aber nicht freigelegt.
Durch die enorme Spendenbereitschaft Eybaer Bürger und Firmen konnte nicht nur 1998 die Gedenkstätte für die Opfer der Kriege eingerichtet werden. Den Spendern ist es unter anderem auch zu verdanken, dass 2010 ein neues Friedhoftor mit Sandsteinsäulen, 2011 die Südseite des Daches neu gedeckt, 2012 der neue Außenputz aufgebracht und 2019 die gotischen Holzfenster erneuert werden konnten.
Dafür nochmal ein herzliches Dankeschön an alle Geber!
Text: Otto Müller, Reinhardt Müller (2014, 2020), Fotos: Reinhardt Müller